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本帖最后由 邓文龙 于 2018-5-2 21:07 编辑
2018年4月Science期刊不得不看的亮点研究
骨髓造血干细胞所需的TPO蛋白竟由肝细胞产生 骨干胞蛋肝胞造
来源:本站原创 2018-04-30 23:545.17,众多一线大咖将从国际化视角深度分析细胞治疗领域新动态、新发展
2018年4月30日/生物谷BIOON/---2018年4月份即将结束了,4月份Science期刊又有哪些亮点研究值得学习呢?小编对此进行了整理,与各位分享。
1.重磅!4篇Science论文聚焦基于CRISPR的下一代诊断工具
doi:10.1126/science.aas8836; doi:10.1126/science.aaq0179; doi:10.1126/science.aar6245; doi:10.1126/science.aat4982
图片来自Zhang lab, Broad Institute。
2017年,美国布罗德研究所核心成员张锋(Feng Zhang, 音译)教授及其团队开发出一种被称作SHERLOCK(Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter unLOCKing)的诊断平台。它利用一种依赖体热的扩增过程来提高临床样品中的DNA或RNA水平。一旦这种水平增加,他们利用第二个扩增步骤将DNA转化为RNA,从而使得这种靶向RNA 的CRISPR工具的灵敏度增加了一百万倍,而且这种工具能够在几乎任何环境下使用。这种诊断平台的关键在于Cas13酶和RNA报告分子。Cas13经编程后结合到一段特定的RNA片段上。当Cas13a检测到靶RNA序列时,它的无区分的RNA酶活性(即附带切割活性)也会切割这种RNA报告分子,从而释放可检测到的荧光信号。
为此,在第一项新的研究中,布罗德研究所成员Pardis Sabeti教授、Sabeti实验室的研究生Catherine Freije和博士后研究员Cameron Myhrvold开发出一种更加简单的方法,从而允许Cas13直接在唾液或血液等体液样品中检测它的靶标。相关研究结果发表在2018年4月27日的Science期刊上,论文标题为“Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13”。
这种方法被称作HUDSON(Heating Unextracted Diagnostic Samples to Obliterate Nucleases, 即对未提取的诊断样品进行加热来消除核酸酶)。它由对临床样品进行快速的化学和热处理以便灭活某些会降解基因靶标的酶。这些经过处理的临床样品随后通过SHERLOCK诊断平台进行检测,最终的检测结果(阳性或阴性)能够在试纸条上很容易地观察到。这一整套检测流水线能够在两个小时内完成。
在第二项新的研究中,布罗德研究所核心成员Feng Zhang 教授和他的团队对SHERLOCK诊断平台进行一系列优化,开发出一种微型试纸条测试方法,在将试纸条浸入经过处理的样品中后,就会出现一条线来指示靶分子是否被检测到,从而允许用肉眼观察到测试结果,而无需使用昂贵的设备。相关研究结果发表在2018年4月27日的Science期刊上,论文标题为“Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with Cas13, Cas12a, and Csm6”。
他们让这种平台使用来自不同细菌种类的Cas13和Cas12a(以前称为Cpf1)酶来产生额外的信号。此外,他们还添加了一种额外的CRISPR相关酶(即Csm6)来放大检测信号,从而增加了SHERLOCK的灵敏度,并增加准确地定量确定样品中的靶分子水平和一次测试多种靶分子的能力。
在第三项新的研究中,加州大学伯克利分校的Jennifer A. Doudna教授和她的团队通过将CRISPR的功能与分子信号枪相结合,开发出一种简单的方法。这种被称作DETECTR(DNA Endonuclease Targeted CRISPR Trans Reporter)的新方法能够实现灵敏而又准确的DNA检测。相关研究结果发表在2018年4月27日的Science期刊上,论文标题为“CRISPR-Cas12a target binding unleashes indiscriminate single-stranded DNase activity”。
Doudna团队观察到在某些情况下,Cas12a会变成一种DNA切碎机,将附近的任何单链DNA进行切割。但这不是滥杀滥伤。为了开始砍刀行动,Cas12a首先必须找到一个精确的DNA靶标。人们能够通过添加一个告诉Cas12a寻找什么的向导RNA分子来对这个靶标进行编程。一旦Cas12a锁定它的靶标并进行切割,它就会开始撕碎它能够发现的所有单链DNA。但是为了让这种系统变得有用,Doudna和她的同事们需要一种方法来观察Cas12a何时开始这种分子残杀,从而指示它已找到它的靶标。因此,这些研究人员使用了一种发光分子(一种易于发现的荧光分子),并且这种发光分子通过一种单链DNA与一种阻止这种发光分子发光的抑制分子连接在一起。当Cas12a开始砍刀行动时,它切割将这种发光分子和这种抑制分子连接在一起的单链DNA。这就移除了这种抑制分子,让这种发光分子发光---一种研究人员能够检测到的信号。
Doudna团队随后利用他们的DNA侦探进行测试。通过与加州大学旧金山分校的Joel Palefsky博士及其团队合作,他们寻找来自两种致癌性HPV---HPV16和HPV18---的DNA信号。这些研究人员获得了25份来自未感染上HPV、感染这两种致癌性HPV中的一种和同时感染上这两种致癌性HPV的人的DNA样品。对HPV16而言,DETECTR对这所有的25份样本都作出了正确的判断。对HPV18而言,DETECTR正确地判断了这25份样品中的23份。Doudna说,它错过的样品信号比较弱,可能能够通过设计不同的向导RNA加以改进。
针对这三项新的研究中,美国国家过敏症与传染病研究所的Daniel S. Chertow在同期Science期刊上发表了一篇标题为“Next-generation diagnostics with CRISPR”的评论类型论文。
2.Science:利用光线测量单个生物分子的质量
doi:10.1126/science.aar5839; doi:10.1126/science.aat5851
英国牛津大学化学系教授Philipp Kukura及其同事们在2014年首次证实利用光散射能够可视化观察蛋白---仅几纳米宽的生物分子。但是直到去年,他们才能够充分地改进图像质量,从而使得这种技术能够与基于荧光的光学技术相竞争。
如今,在一项新的研究中,英国牛津大学化学系教授Philipp Kukura博士及其同事们开发出一种检测光散射而不是荧光的显微技术---他们称之为干涉散射质谱(interferometric scattering mass spectrometry, iSCAMS),并证实利用这种技术能够观察溶液中的单个分子并测量它们的质量。相关研究结果发表在2018年4月27日的Science期刊上,论文标题为“Quantitative mass imaging of single biological macromolecules”。
Kukura教授说,“iSCAMS有很多优点。它测量单个分子质量的准确度接近最先进的质谱仪,然而质谱仪价格昂贵,并且在并不一定代表生物系统的真空条件下运行。相反地,iSCAMS仅需非常少量的样品就可做到,而且基本上在任何水环境中都可运行。”
3.重大进展!三篇Science揭示单个细胞形成完整有机体的基因图谱
doi:10.1126/science.aar4362; doi:10.1126/science.aar3131; doi:10.1126/science.aar5780
不论是蠕虫、人类还是蓝鲸,所有的多细胞生物都是从单个细胞卵子开始的。这个细胞产生形成有机体所需的许多其他的细胞,而且每个新的细胞都是在合适的时间在合适的位置上产生的,从而通过与它的相邻细胞进行合作而精确地发挥它的功能。这一壮举是自然界中最引人注目的成就之一,而且尽管经过了几十年的研究,生物学家们还是对这一过程知之甚少。
如今,在三项具有里程碑意义的研究中,来自美国哈佛医学院和哈佛大学的研究人员报道他们如何系统性地对发育中的斑马鱼和热带爪蟾(Xenopus tropicalis)胚胎内的每个细胞进行分析,从而确定揭示单个细胞如何形成一个完整有机体的路线图。
这些研究人员利用单细胞测序技术追踪了胚胎生命的最初24小时内单个细胞的命运。 他们的分析揭示出当胚胎转变为新的细胞状态和类型时,哪些基因开启或关闭以及何时发生的完整图谱。总之,这些发现代表着在两种重要的模式生物中产生不同的细胞类型的基因“配方”目录,并且为研究发育生物学和疾病提供了前所未有的资源。这三项研究的结果于2018年4月26日同时在线发表在Science期刊上,论文标题分别为“Single-cell mapping of gene expression landscapes and lineage in the zebrafish embryo”、“Single-cell reconstruction of developmental trajectories during zebrafish embryogenesis”和“The dynamics of gene expression in vertebrate embryogenesis at single-cell resolution”。第一篇论文的通信作者为哈佛医学院的Sean G. Megason和Allon M. Klein。第二篇论文的通信作者为哈佛大学的Aviv Regev和Alexander F. Schier。第三篇论文的通信作者为哈佛医学院的Marc W. Kirschner和Allon M. Klein。
Klein、Kirschner和及其团队开发出一种被称作InDrops的单细胞测序技术,从而能够每次一个细胞地捕获斑马鱼和热带爪蟾胚胎中每个细胞的基因表达数据。他们在24小时内的多个时间点收集来自这两种模式生物的成千上万个细胞的基因表达数据。
当胚胎发育时,为了绘制每个细胞的谱系图谱和确定标记着新的细胞状态和类型的基因表达事件的准确顺序,Klein团队和Kirschner团队开发了新的实验和计算技术,包括TracerSeq,即导入人工DNA条形码来追踪细胞之间的谱系关系。
在Schier领导的一项研究中,Schier团队利用一种被称作Drop-Seq的单细胞测序技术在高时间分辨率下研究斑马鱼胚胎12多个小时。通过与Regev合作,Schier团队利用一种他们称为URD的计算方法重建出胚胎发育中的细胞轨迹。
Schier团队分析了38000多个细胞,并开发了揭示当25种细胞类型发生特化时,它们的基因表达发生变化的细胞“家族树”。通过将这些数据与空间推理相结合,Schier团队还能够重建早期斑马鱼胚胎中的各种细胞类型的空间起源。
4.Science:揭示记忆储存在印迹神经元突触中
doi:10.1126/science.aas9204
图片来自D-Keine/iStock。
根据一项新的研究,当形成记忆时,某些神经元之间形成更大的更密集的连接。相关研究结果发表在2018年4月26日的Science期刊上,论文标题为“Interregional synaptic maps among engram cells underlie memory formation”。
科学家们长期以来一直试图理解大脑在何处和如何储存记忆。在20世纪初,德国科学家Richard Semon创造了术语“印迹(engram)”来描述大脑中记忆的物理表征。随后,在20世纪40年代,加拿大心理学家Donald Hebb提出当神经元编码记忆以及在共活化记忆或印迹之间形成的连接(也被称作突触)时,神经元就得到强化了---这一理论被广泛地转述为“一起放电的神经元连接在一起(fire together, wire together)”。这两种观点已成为记忆研究的基石---并且在它们首次出现后的几十年中,科学家们已经积累了大量支持它们的证据。
韩国首尔国立大学神经科学家Bong-Kiun Kaang说,“Donald Hebb提出储存记忆的关键部分不是印迹细胞(engram cell),而且印迹细胞之间形成的突触。”不过,他补充道,尽管很多间接证据表明突触形成过程是记忆形成的基础,比如证实长时程增强(long-term potentiation,即两个同时活化的神经元之间形成增强的连接的过程)的研究,但是缺乏直接证据。
在这项研究中,Kaang和他的团队首次将这种重组DNA注射到小鼠的海马体(参与记忆形成的一个关键的大脑区域)中。随后,他们利用恐惧条件反射实验教导这些小鼠将特定环境与电击相关联在一起。
当在显微镜下研究这些小鼠的大脑时,这些研究人员观察到印迹细胞之间形成的突触得到强化。印迹细胞之间的树突(一种神经元投射,突触就是在树突上形成的)要比印迹细胞与非印迹细胞或两个非非印迹细胞之间的那些树突更为密集和更大。此外,当他们对接受较弱电击的小鼠和接受较强电击的小鼠进行比较时,他们发现在接受更强电击的小鼠中,突触连接变得更强。
5.Science:重大突破!揭示一种罕见的儿童脑瘤的细胞起源
doi:10.1126/science.aao4750
弥漫性中线胶质瘤(diffuse midline glioma, DMG)是一类少见的、侵袭性的且出现在脑干中的儿童肿瘤。这类致命性肿瘤的细胞根源在很大程度上仍然是未知的。在一项新的研究中,来自美国布罗德研究所、麻省总医院、达纳-法伯癌症研究所和波士顿儿童癌症与血液疾病中心的研究人员通过分析来自4名DMG患者的3300多个细胞的基因表达,发现这类肿瘤可能起源自少突胶质祖细胞(oligodendrocyte progenitor cell, OPC)样细胞,这些OPC样细胞处于一种未成熟的可快速分裂的干细胞样状态。相关研究结果发表在2018年4月20日的Science期刊上,论文标题为“Developmental and oncogenic programs in H3K27M gliomas dissected by single-cell RNA-seq”。
这些研究人员的数据揭示出DMG中的一种独特的细胞分布,主要是由快速分裂的OPC样细胞和一些更加成熟的非分裂细胞组成。Suvà说,这是一种不寻常的分布。“人们通常认为癌干细胞是癌症中的一小部分细胞,但是在DMG中,大多数恶性细胞都处于这种祖细胞样状态。”
6.Science:新研究揭示细胞中令人吃惊的三基因相互作用
doi:10.1126/science.aao1729; doi:10.1126/science.aat4667
在一项新的研究中,在加拿大多伦多大学唐纳利中心的Charles Boone教授、Brenda Andrews教授和美国明尼苏达大学双城校区的Chad Myers教授的领导下,来自多个国家的研究人员在之前研究---展示了基因如何成对组合来维持细胞的健康---的基础上更进一步,首次研究了三基因组合如何有助维持正常的细胞生理学特征。
为了揭示基因功能组合的规则,这些研究人员之前研究了酵母细胞中基因如何成对地发挥作用。酵母是生物学家们最喜爱的细胞模型之一,这是因为它的基因组相对较小,含有6000个基因和已存在大量数据。之前已从酵母中除去了所有可能的基因对(1800万个基因对),如今,他们进一步研究了当从360亿个可能的三基因组合(trigenic combination)移除部分三基因组合时会发生什么。
这些研究人员发现,与两个基因之间的相互作用相类似,三基因相互作用(即三个基因之间的相互作用)也主要发生在功能上相关的基因之间,比如它们编码的蛋白片段属于相同分子机器或存在于细胞的相同部分中。利用三基因相互作用,他们也开始在功能上不相关的并且参与细胞中不同生物过程的基因之间观察到更多令人吃惊的合作关系。
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