Cell:哺乳动物单细胞染色质可接近性图谱 念珠空间读取信息

顾汉现

Cell：重大进展！首次构建出哺乳动物单细胞染色质可接近性图谱

来自睾丸中的精子祖细胞的数据质量是最低的，这是因为DNA在这些生殖细胞中的包装是与众不同的

2018-08-26 19:00

2018年8月26日/生物谷BIOON/---科学家们对DNA缠绕和包装到所谓的染色质中的方式感兴趣，这是因为这会影响每个细胞中可用到的遗传信息。DNA就像串在一根绳子上的念珠。在这些分子“念珠”移动的地方会有空间形成，这样蛋白就能够访问和“读取”遗传信息。这种状态或者说这种基因组特征就是染色质可接近性（chromatin accessibility, 也译作染色质开放性）。

在一项新的研究中，来自美国华盛顿大学的研究人员利用他们之前开发出的一种被称作sci-ATAC-seq的测定方法分析了来自13种成年雄性小鼠组织的近10万个细胞。这些组织是骨髓、大肠、心脏、肾脏、肝脏、肺部、小肠、脾脏、睾丸、胸腺、全脑、小脑和大脑前额皮层。相关研究结果发表在2018年8月23日的Cell期刊上，论文标题为“A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility”。论文通信作者为华盛顿大学的Cole Trapnell和Jay Shendure。

图片来自Cell, doi:10.1016/j.cell.2018.06.052。

这些研究人员观察到85种不同的染色质可接近性模式，并且能够将大部分染色质可接近性模式分配给特定的细胞类型。他们还对40万多个潜在的调节元件进行目录编制。总体而言，他们能够鉴定出具有类似的染色质可接近性模式的细胞群体，随后对每个细胞群体进行研究以便筛选出不同的细胞类型。

这些研究人员说，他们的数据质量是存在差异的，这主要取决于组织类型。来自睾丸中的精子祖细胞的数据质量是最低的，这是因为DNA在这些生殖细胞中的包装是与众不同的。

这些研究人员表示，这种单细胞染色质可接近性图谱是世界各地实验室正在编制人类、小鼠和其他物种的细胞类型综合图谱的努力的一部分。Shendure实验室、Trapnell实验室和其他的实验室已为发育中的线虫和果蝇构建出相关的图谱。

这种单细胞染色质可接近性图谱收集的数据可能促进对细胞谱系的发育通路和形成的理解。比如，科学家们能够利用这种资源理解当未成熟的造血干细胞变成具有特定作用的成熟血细胞时染色质可接近性如何发生变化。（生物谷 Bioon.com）

参考资料：

Darren A. Cusanovich, Andrew J. Hill, Delasa Aghamirzaie et al. A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility. Cell, 23 August 2018, 174(5):1309-1324, doi:10.1016/j.cell.2018.06.052.

https://www.cell.com/cell/fullte ... 59%3Fshowall%3Dtrue

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0092867418308559

http://news.bioon.com/article/6726504.html



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