复旦大学发表首个人类血液外泌体长链RNA数据库

顾汉现

复旦大学发表首个人类血液外泌体长链RNA数据库

来源：生物谷 2017-10-25 09:20

最近Nucleic Acids Research杂志在线发表了首个人类血液外泌体长链RNA数据库exoRBase（www.exoRBase.org），收录了上万条环状RNA（circRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）和mRNA。该数据库由复旦大学附属肿瘤医院/肿瘤研究所（复旦肿瘤所）黄胜林课题组完成，这是该课题组继2015年Cell Research首次报道环状RNA富集于外泌体并存在于血液中的工作延续。

外泌体是近年的研究热点，作为纳米级别的小囊泡却有强大的功能和应用前景，特别是存在于体液中，是目前液体活检关注的重要领域。外泌体是由活细胞分泌的，包裹着细胞来源的核酸和蛋白等活性分子，具有介导细胞间的通讯等作用，由于携带了反映来源细胞的特异性信息，是理想的生物标志物。长链RNA包括mRNA、lncRNA和circRNA等，这些RNA数量多且存在很多组织细胞特异表达信息，以往认为它们主要在细胞内，不会存在于体液中（体液中存在很多RNA酶），近年发现它们可能被外泌体包裹释放到体液中，可作为外泌体RNA在疾病中的诊断标志物或功能靶点。与以往研究较多的miRNA相比，长链RNA数量远远大于miRNA（血液miRNA不足1000个），而且可能携带来源细胞的特异性信息，对外泌体长链RNA的研究正越来越受关注。黄胜林课题组在前期基础上，改进并完善了血液外泌体长链RNA的高通量测序方法，通过对正常人和不同疾病外泌体RNA的测序分析，发现血液外泌体存在着几万条的环状RNA、长链非编码RNA和mRNA。exoRBase正是基于这些分析基础上建立，旨在收录正常人和不同疾病患者血液外泌体里所有的长链RNA信息及其表达特征。

exoRBase建立了一套针对外泌体RNA测序数据分析的标准流程，对环状RNA进行了预测和注释分析，同时比对和定量了lncRNA和mRNA表达情况。为确定血液外泌体RNA的组织来源，作者基于GTEx数据库的30个不同组织的RNA测序表达数据，计算了每一个lncRNA和mRNA的组织特异性得分，针对外泌体与其关联组织进行血液外泌体RNA来源的推测。数据库可从多种角度（基因名、染色体定位、circRNA关联基因等）进行检索，并找到具有不同特性的外泌体RNA，及其组织特异性、疾病关联性和表达情况。目前数据库收录的样本包括32例正常人和少量疾病患者的数据，共记录了58 330 circRNAs，15 501 lncRNAs和18 333 mRNAs。exoRBase将为外泌体长链RNA研究和液体诊断提供有力的信息平台和靶点。

该数据库的基础RNA测序数据分析主要是基于烈冰科技的NovelBrain®云平台(www.novelbrain.com)。烈冰科技独立开发的基因大数据分析平台（NovelBrain®）拥有强大的高性能计算能力、完善的样本及大数据管理系统，同时具备深度挖掘能力，并支持定制化分析模块自主上线。（生物谷 bioon.com）

http://news.bioon.com/article/6712012.html



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