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标题: 《细胞》：人类肠道中生活着14万种病毒 [打印本页]

作者: 顾汉现 时间: 2021-3-27 14:24
标题: 《细胞》：人类肠道中生活着14万种病毒
本帖最后由顾汉现于 2021-3-27 14:27 编辑

作者：Luis F. Camarillo-Guerrero

来源：《细胞》

发布时间：2021/2/26 16:04:42

人类肠道中生活着14万种病毒

噬菌体插图。图片来源：SciePro/stock.adobe.com

病毒是地球上数量最多的生物体。现在，英国维康桑格研究所和欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）的研究人员识别出了超过14万种生活在人类肠道中的病毒，其中一半以上以前从未见过。

近日发表在《细胞》上的一篇论文分析了在世界不同地区收集的28000多个肠道微生物组样本。研究人员发现的病毒数量和多样性高得惊人，这些数据为了解肠道病毒如何影响人类健康开辟了新的研究途径。

人类肠道中，除了细菌，成千上万可以感染细菌的被称为噬菌体的病毒，也生活在那里。众所周知，肠道微生物群的不平衡会导致疾病，如炎症性肠病、过敏和肥胖。然而，关于肠道细菌以及相关噬菌体在人类健康和疾病中所起的作用，人们所知甚少。

这次，利用一种名为宏基因组学的DNA研究方法，研究人员研究并记录了在28060个人类肠道宏基因组和2898个细菌分离基因组中发现的病毒物种的多样性，确认了生活在人类肠道内的超过14万种病毒。

“并不是所有的病毒都是有害的，它们是肠道生态系统不可或缺的组成部分。”论文作者之一、维康桑格研究所和EMBL-EBI的Alexandre Almeida说，他们发现的大多数病毒都以DNA作为遗传物质，这些样本主要来自没有特定疾病的健康个体。

在发现的数万种病毒中，一个新的流行分支被发现，这是一组被认为有共同祖先的病毒，研究者将其称为Gubaphage。Gubaphage被发现是人类肠道中第二常见的病毒分支，仅次于2014年发现的crAssphage。

这两种病毒似乎会感染相似类型的人类肠道细菌，但目前Gubaphage确切功能尚未明确。

“我们工作的一个重要方面是确保重建的病毒基因组具有最高质量。严格的质量控制流程和机器学习方法能够减轻污染，并获得高度完整的病毒基因组。高质量的病毒基因组为更好地理解病毒在肠道微生物群中的作用铺平了道路，包括发现新的治疗方法，如来自噬菌体的抗菌剂。”论文第一作者、维康桑格研究所的Luis F. Camarillo-Guerrero说。

研究结果组成了肠道噬菌体数据库的基础，该数据库包含142809个非冗余噬菌体基因组，对于从事噬菌体相关研究的人而言，这是一个非常宝贵的资源。

论文作者之一、维康桑格研究所的Trevor Lawley博士表示：“这一高质量、大规模的人类肠道病毒目录，可作为未来病毒组研究中指导生态和进化分析的蓝图。”（来源：中国科学报文乐乐）

相关论文信息：https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.01.029

https://www.cell.com/cell/fullte ... 26%3Fshowall%3Dtrue

http://paper.sciencenet.cn/htmlp ... 61615462861606.shtm

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作者: 顾汉现 时间: 2021-3-27 14:33
本帖最后由顾汉现于 2021-3-27 14:39 编辑

每天，8亿个病毒降落在每平方土地上，它们改变了人类的基因组

原创|发布：2018-06-11 22:40:12 更新：2018-06-11 22:40:12阅读 42815赞 301

我们知道，大量各式各样的病毒飘散在我们的空气中，那么我们与病毒接触的机会有多大？最近的一项研究首次探讨了这一问题：每一天，都有数以亿计的病毒落到每一平方米的土地上。不过，在感到头皮发麻的同时，下面这件事你也应该了解一下：除了带来疾病疫情，病毒对于人类演化和整个生态系统，起着哪些不为人知的作用？

在西班牙内华达山脉，一只国际研究团队在高山上放置了4只水桶。不过，他们的目标不是统计每天的降水量，也不是看有多少灰尘降落，而是收集从天而降的病毒雨。

科学家推测，在对流层和飞机飞行的高度之间，有大量病毒环绕着地球旅行。此前人们对这个问题知之甚少，这就是为什么沉降在桶中的病毒数量令不列颠哥伦比亚大学的海洋病毒学家柯蒂斯·萨特尔带领的研究团队震惊不已。据计算，每平方米土地平均每一天都有8亿只病毒如瀑布般倾泻而下。也就是说，每天降落在地表的病毒数量高达10 18（次方）只。

这些全球传播的病毒大多数是随着浪花散播到大气中的，还有一部分通过沙尘暴进入大气。

“因为不受地球表面的摩擦阻碍，可以长途跋涉，所以洲际旅行对于病毒来说相当容易”，萨特尔举例说，“我们不时会看到，从非洲卷入大气的病毒最终沉降在北美。”

这项由萨特尔博士主导的研究于不久前发表在《国际微生物生态学协会期刊》（International Society of Microbial Ecology Journal）上，这也是第一项计算落在地球上的病毒数量的研究。不过，这项研究不是为了研究流感或其他疾病，而是为了更好地了解我们头顶上方丰富多彩的 “病毒圈” 。

通常人们认为，这些病毒起源于地球表面并被海浪或沙尘卷向空中，但也有一些研究者认为病毒实际上可能起源于大气层。（有一小部分研究者认为病毒甚至可能来自外太空，这种观点被称为“泛种论”。）

无论如何，病毒有着迄今为止地球上数量最多的个体。在一平方米的范围内，除了数亿个病毒，萨特尔团队还发现了数千万的细菌。

附着在细菌细胞壁残片上的病毒（来源：Biophoto Associates）

改变生物演化轨迹

我们印象中的病毒往往是传染性病原体，但它们的真实作用远远不仅于此。病毒在世界上扮演的中心角色怎么夸大都不过分：它们对我们的免疫系统和肠道微生物群、陆地和海洋生态系统、气候调节和所有物种的演化都至关重要。病毒包含非常多样化的未知基因，并将它们传播给其他物种。

去年，三位专家呼吁一项新举措以更好地了解病毒生态学，尤其是随着地球的变化。“病毒调节着所有生物的功能和演化，”俄亥俄州立大学的马修·沙利文、佐治亚州理工学院的约书亚·韦茨和田纳西大学的史蒂芬·威廉共同写道，“但至于到什么程度仍然是个谜。”

病毒是否符合生物的定义？这一问题始终存在争议。虽然它们是微生物世界的顶级捕食者，但它们缺乏繁殖能力，所以必须占领宿主细胞（即感染）并利用其细胞器进行复制。病毒将自己的DNA注入宿主，有时合成的新基因对宿主有益并成为其基因组的一部分。

研究人员最近发现，一种古老的病毒曾将其DNA插入到一类四肢动物的基因组中，这类动物曾是我们的祖先。该段名为ARC的遗传密码是现代人类神经系统的一部分，在人类意识中发挥重要作用——包括神经传递、记忆形成和高阶思维。据估计，40%~80%的人类基因组可能与古老病毒的侵袭有关。

病毒及其猎物也是全球生态系统的重要参与者。现在有许多研究旨在通过解读病毒的这些行为过程，进一步理解地球生命的运转方式。

“如果你能给海洋里的所有生命物质称重，其中95%是你看不到的，它们负责供应地球上一半的氧气。”萨特尔博士说。

在实验室中，萨特尔博士过滤掉海水中的病毒、留下他们的猎物——细菌。在这种情况下，海水中的浮游生物会停止生长。因为病毒是非常特殊的捕食者，当正在捕食的病毒感染并消灭一种微生物时，它们会释放体内的营养物质，比如氮，从而为其他细菌提供食物。这就和被狼杀死的麋鹿成为渡鸦、郊狼等动物的食物一样。浮游生物生长的同时，会吸收二氧化碳并产生氧气。

一项研究估计，海洋里的病毒每秒会造成10 24次感染，每天破坏海洋中大约20%的细菌细胞。

重塑地球生态系统

病毒通过改变微生物群落的组成来维持生态系统的平衡。例如，当有毒的水藻爆发形成水华时，病毒可以攻击水藻、致其分解并死亡，从而在一天之内结束水华。

虽然有些病毒和其他生命体已经共同演化并取得了一种平衡，但是一些病毒的入侵也可以造成迅速、广泛的破坏甚至导致物种灭绝。

一些研究人员说，西尼罗病毒已经改变了美国大量地区鸟类群落的组成：它们在杀死乌鸦的同时助长渡鸦的繁殖。而在夏威夷的山区森林，这里曾经因为气温太低而没有蚊子生存，但随着气候变暖，蚊媒的禽痘病毒开始在这里传播，多种鸟类灭绝预计将会灭绝。

当物种消失时，这些变化可能波及整个生态系统。一种名为牛瘟的病毒性疾病就是教科书般的案例。

19世纪，意大利军队将几头牛带入北非。1887年，牛瘟在非洲大陆蔓延，杀死了从厄立特里亚到南非大片区域的偶蹄类动物；在某些地区，甚至消灭了95%的兽群。

19世纪的英国伦敦，出现牛瘟疫情时，检查公牛健康的场景。（Universal History Archive）

“病毒感染了羚羊、角马和整个生态系统中的其他大型食草动物。”国际非盈利机构生态健康联盟的主席彼得·达斯扎克说。该联盟正在开展一项全球项目，将可能由动物传染给人类的病毒进行编目。

“病毒不仅仅只对动物有影响。因为它们是食草动物，大量死亡后植被会受到影响，树木得以在原先放牧的地方生长，”达斯扎克说，“这些生态变化可以持续几个世纪甚至数千年。”

随着牛瘟的传播，再加上干旱，大量的人死于饥饿。在1891年，一位探险家估计有三分之二依靠牛生存的马赛族人死去。“牛瘟几乎瞬间将热带非洲的财富一扫而空。”约翰·里德在他的书《非洲：一个大陆的传记》中写道。

通过接种疫苗，在2011年不仅是非洲，全球的牛瘟都被彻底消灭。

病毒的有益作用鲜为人知，尤其是在植物中。例如，在黄石地热区的高温土壤中，科学家发现了一种依靠真菌在极端环境中生长的草，而这种真菌又是依靠病毒存活的。

藜麦植株上的微小病毒斑点对其生存也很重要。“这些斑点赋予植物耐旱性，但不会导致疾病，”宾夕法尼亚州立大学研究植物病毒生态学的玛丽莲·鲁西克说，“它改变了整个植物的生理机能。”

“病毒不是我们的敌人，”萨特尔博士说，“某些讨厌的病毒会让你生病，但重要的是要认识到，病毒和其他微生物对生态系统是绝对不可或缺的。”

撰文|JIM ROBBINS

编译|杨雨

审校|吴非

文章发布于TA说账号SME

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