欧共体启动益生菌类食品的营养功能示范项目PROBDEMO
CT96-1028（Demonstration of Nutritional functionality
of Probiotic Foods, PROBDEMO, FAIR CT96-1028），历时4年，1999年底完成，是欧共体第五次框架项目的预研，旨在提供科学依据以支持益生菌类食品等微生态制剂工业界的要求。微生态制剂作为功能性食品在欧洲地区以至全世界越来越流行，通过本项目的研究、讨论，为欧共体第五次框架项目在“健康与食品，Health and Food ”领域的立项提供基础。
具体的步骤是：先做表型鉴定，再做基因鉴定。基因鉴定的方法有DNA/DNA杂交，16S RNA序列分析或其它国际上认可的方法。然后到RDP(ribosomal
data base project，www.cme.msu.edu/RDP/)上验证鉴定结果。
2001年
3月
我国首次规定了益生菌的定义：益生菌菌种必须是人体正常菌群的成员,可以利用其活菌、死菌及其代谢产物。就保健品类益生菌生产与管理作出了规范，并列出了可用于保健食品的益生菌菌种名单：两岐双岐杆菌
Bifidobacterium bifidum，婴儿双岐杆菌 B. infantis，长双岐杆菌 B. longum，短双岐杆菌 B. breve ，青春双岐杆菌 B. adolescentis，保加利亚乳杆菌
Lactobacillus. Bulgaricus，嗜酸乳杆菌 L.
acidophilus，干酪乳杆菌干酪亚种 L. Casei subsp. Casei，嗜热链球菌 Streptococcus thermophilus
2001年
法国完成第一株乳酸菌即乳酸乳球菌IL1403的全基因组测序。
2002年
微生物学教授Savage宣布：正常菌群是人体的第十大系统——微生态系统。
2002年
4月30日-5月1日在加拿大安大略省伦敦市FAO/WHO联合专家工作组起草了《食品中益生菌的评价指南》(《Guidelines for the Evaluation of Probiotic in Food 》)
国际益生菌协会（The
International Probiotics Association,IPA)于4月11日在美国芝加哥召开了首届IPA国际大会，IPA为争论不休的益生菌产品标签计划制定了标准，这些标识主要包括：（1）在产品失效时确保有最低数量的菌落形成单位（CFU）；（2）有储存指示；（3）有包装批号或产品代码；（4）对益生菌清楚地识别，其中包括菌株（优先列出）或者至少以外界普遍认可的术语列明属种，如果用商品名称来识别益生菌，那么实际的属种也应该包含在产品标签上；（5）生产厂家的所有联系信息，或者在产品标签空间有限的情况下，至少列明厂家的网址；（6）建议用量的说明（供动物使用的益生菌补充剂应该列明其所针对的动物种类）。
2008年
5月
由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的的益生菌Lb. casei
Zhang的全基因组序列测定和图谱绘制于18日全部完成，并向Genbank提交。这是我国第1个完成的乳酸菌基因全序列的测定。
2009年11月，来自英国、意大利、爱尔兰、比利时、法国、西班牙、瑞士7个欧洲国家的9个胃肠病、微生物、营养学和儿科专家，以英国雷丁大学（University of Reading）Ian Rowland教授为主席组成了专家委员会，根据益生菌的研究开发、临床应用和市场消费等现状，达成一致意见，形成了“益生菌科学最新共识”的专题报告。该报告在益生菌临床应用效果方面的主要意见是：一、益生菌治疗腹泻被广泛研究，其临床应用效果最为突出。二、临床研究表明，某些益生菌能够缩短呼吸道感染时间，减轻诸如发烧、鼻炎、腹泻等症状。三、专家普遍认为，益生菌可全面改善IBS症状，缓解胃肠道功能性紊乱，例如缓解胃胀、腹痛等，从而减轻胃肠道的不舒服感觉。四、此外，专家们共同赞成的益生菌有益健康的作用包括：在幽门螺杆菌感染的治疗中，益生菌作为辅助治疗显示出令人鼓舞的效果；从生物学角度考虑，益生菌可以预防阴道和尿道感染，不过后者的效果不如前者的好；益生菌可能有利于减少结肠癌风险。
2010年
3月
2010年3月4日，世界权威科学期刊《自然》发表文章指出，在多国科学家的通力合作和艰辛努力下，人类已经测定出人肠道微生物的基因目录，这对人类来说，无论是对微生物和疾病的认识上，还是对人体健康和保健的认识上都具有里程碑式的意义。Nature. 2010
Mar 4;464(7285):59-65.
