在巨量的基因组数据集的帮助下,在短的时间尺度内,科学家们现在可以跟踪等位基因频率的变化。美国斯坦福大学的Jonathan Pritchard,和他的博士后Yair Field通过计算独特的单碱基位点变化,发现了人群中短时间尺度内的基因频率变化。因为等位基因携带着相邻的DNA,等位基因两侧的DNA中独特的单碱基位点的突变可被用作粗略分子钟,来研究等位基因频率是如何快速变化的。Pritchard的研究小组收集了在英国UK10K测序项目的一部分数据,总共3000个基因组。对于每个感兴趣的等位基因,Field基于等位基因两侧的DNA中独特的单碱基位点突变,来获得“单密度分数”(singleton density score)。某个等位基因的选择更激烈,它传播的更快,而独特的单碱基位点的突变的积累越少。该方法可揭示过去100代(或约2000多年)的人类基因组中的等位基因频率变化。